MovableTypeの初期設定でどうしても使いづらかったのが、リンク設定の問題です。
初期導入段階ではそのウインドウで移動するように設定されている（=self）ので、
別ウインドウで開く設定（=blank）にするには
MovableTypeのややこしいプログラムをイジる必要があります。

どうしても、その設定が面倒そうでこれまで敬遠していたのですが、
実際にやってみると、全く難しくなかったので、ここでご紹介します。

１．「mt-static/mt_ja.js」ファイルを探す
このファイルは、mtフォルダ内にあります。

２．以下の記述部分を探す。
setSelection(e, '' + str + '');
※上記部分をコピーして、本文検索を行ってみて下さい。
すぐに該当箇所が分かるハズです。

３．書き換える。
setSelection(e, '' + str + '');
２の部分を上記の通りに書き換えます。

４．アップロードする。
元の位置に上書き保存して下さい。

これで、エントリー記事をリンクする際には自動で_blank設定になっています。
ただ、上記のやり方は3.2以降ですので、ご注意下さい。
参考URL：（MT3.2）リンクを別ウィンドウで開く設定 ＜target="_blank"＞

他にも色々と役立つ情報満載のブログがここにはあります！